内口是肛瘘的感染源，肛周脓肿和肛瘘正是由肠腔的致病菌从内口进入肛周引起的，一般位于肛门内3～4cm处的肛管和直肠交界处。准确定位内口和充分切开内口是肛瘘手术成功与否的重要因素。肛瘘内口90％以上是隐性的，如果没有一定的临床经验，没有掌握肛瘘内口的形成规律，往往在术中只切开了部分瘘管，真正的内口仍存，导致术后复发。
二、人为制造内口挂线术是目前临床治疗肛瘘采用的最主要方法。将胶（丝）线从肛瘘外口穿入瘘管，然后从内口拉出，把线的两端收紧并结扎在一起。如果瘘管畅通，从内口准确的拉出，瘘管壁就会完整被治愈，但如果瘘管中间内口闭合或粘连，在穿线过程中就很有可能进入瘘管外组织，然后从人为的穿破口出来，这样，部分关键的瘘管和内口就没有被打开，从而导致手术失败，术后复发。
三、主灶未敞开主灶就是主要的病灶，瘘管又分为主灶和支管，主灶是由内口及与内口相连的肛管段瘘管，也是和肛门内外括约肌相伴而行的瘘管。在治疗上，主灶一定要切开。在手术时或没有找到主灶或顾忌损伤括约肌影响肛门闭合功能而未能充分敞开主灶，结果创口始终不能愈合，或暂时愈合后又溃破复发。
四、支管遗漏肛瘘手术时主灶切开重要，支管引流也很重要，如果在术中没有处理支管，同样会造成手术失败，这种情况多发生在病程较长反复发作的肛瘘和复杂性肛瘘。
五、引流不畅在肛瘘治疗时，不管是手术还是用挂线的方法，都是以达到引流通畅为目的，只有引流通畅瘘管才会脱落，皮肤才会顺利覆盖，创口肉芽才会正常生长。瘘管过深的话，因为切口过小过短而又没有放置引流物，或行支管旷置术时方法不当，都会造成引流不畅，创口不愈合。
六、术后假愈合肛瘘手术治疗的还有一个重要组成部分就是术后换药。手术后肛管闭合，瘘管切口的两端会触碰到一起，如果长时间没有采取措施，瘘管腔并没有完全肉芽填充，两端的皮肤就会先生长到一起，这叫桥形愈合，但这不是真正的愈合，还会复发，所以又叫假愈合。因此在换药时不仅要用油沙条填塞瘘管腔，还要用油沙将断端两侧的肛管皮肤隔离开。
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