肛瘘一旦形成，一般无自愈可能，手术治疗便是惟一的治愈性手段。但近年来有人采用人工材料填充瘘管的办法治疗肛瘘，认为疗效较好而不须手术治疗。手术的原则是将瘘管切开或切除，使其成为开放的创面而达到逐渐愈合的目的。治疗中应强调弄清内口的部位及与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。常用的手术方式有以下几种。
瘘管切开术
瘘管切开术适用于单纯性低位肛瘘，手术时用探针查清瘘管全程，循探针瘘管全部切开，刮去瘘管内肉芽组织，使创面呈V形。创面内填塞油纱布，2～3天后每天用1∶PP粉或热水坐浴，创面清洁。在整个治疗过程中，要注意保证切开创面的肉芽组织由基底部向浅表生长，最后全部愈合，因此经常性观察创面和换药就显得很重要。术后2～3天局部使用生肌膏或生长激素制剂换药。
挂线疗法
挂线疗法适用于高位单纯性或复杂性肛瘘。此法可避免括约肌一次切开断裂收缩致术后肛门失禁，临床上应用广泛，操作简便，可在门诊施行。其缺点是术后复发率较高，这主要与术者探查分支及内口部位不彻底有关。高位复杂性肛瘘可经多次挂线使其变为单纯性肛瘘。
瘘管切除术
肛瘘切除术一般适用于低位单纯性肛瘘，但近年来有许多学者将此法应用于高位肛瘘及复杂性肛瘘。方法为一次性将全部瘘管切除，创面为健康的正常组织，并呈内小外大状态。较浅表的创面可作全层缝合，5天后拆线，多可一期愈合，较深的创面宜敞开。高位肛瘘作切除术时，宜分出外括约肌深部，需切断者应注意将其缝合重建。
