医院肛肠科创建于建国初期，经几代人数十年的努力，从最初的肛肠门诊发展到拥有68张床位规模的区域肛肠诊疗中心。
肛肠科拥有直肠腔内超声诊断仪、电子结肠镜、生物反馈治疗仪、肛肠综合诊断治疗仪、中药熏洗仪、半导体激光治疗仪等诊疗设备。目前开放床位68张，年门诊余人次，年出院余人次，业医院位居前列。
科室临床业务范围主要包括痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂、直肠息肉、肛乳头肥大、肛周皮肤病、肛周性病及便秘、炎症性肠病等结直肠肛门病变。中医特色及临床优势突出，院内中药制剂换药、中药2号方灌肠、特型小针刀对侧切治疗肛裂、中药健脾补肾加大肠水疗治疗慢传输型便秘等多种特色疗法，临床上收到良好疗效。科室所采用的“对口引流保留皮桥术”治疗复杂性肛瘘取得明显疗效，不仅减小了肛瘘创面，缩短了创口愈合时间，而且降低了肛瘘术后复发率。
在开展临床业务的同时，科室成员还积极参与科研工作，先后承担及参与各级科研课题25项，其中主持市级课题3项、区科委课题7项、区级课题6项、院级课题3项；参与国家级课题3项、市级课题3项，研究涉及混合痔、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、便秘、功能性肛门直肠痛等疾病，并多次获得科技奖励，包括上海中西医结合科学技术奖1项、上海市嘉定区科学技术进步奖3项，申请并授权专利1项。近年来发表学术论文近40篇，参与编写专科著作1部。
科室目前有主任医师2名、副主任医师2名、主治医师7名、住院医师2名；博士研究生1名，硕士研究生3名。科室负责人被中华中医药学会评为“全国中医学科名专家”，上海中医药大学硕士研究生导师，江西中医学院教授，嘉定区第三、四、五批学术技术带头人，中华中医药学会肛肠专业委员会常务理事，中国中医药研究促进会肛肠分会青年委员会副主委，中国民族医药学会肛肠科分会常务理事，上海市中医药学会肛肠分会副主任委员，上海市中医医疗质量控制中心中医肛肠质控组专家委员会成员，上海市长宁区、静安区、普陀区、嘉定区、青浦区医学会医疗鉴定专家库成员。科室四名成员分别入选“第五批全国名老中医学术继承人培养对象”、“上海优秀青年中医临床人才培养计划”，“上海市优秀青年医师培养计划”、“嘉定区建设长三角综合性节点城市人才领先计划”。
经过肛肠科几代人不懈的艰苦奋斗，科室已经发展成为集医疗、教学、科研为一体区域性肛肠诊疗中心，在嘉定及周边地区享有一定的声誉。先后获得“上海市卫生系统先进集体”、“市文明规范服务先进病区”、“市总工会模范职工小家”、“嘉定区青年文明号”等荣誉称号。
目前，肛肠科实行普通门诊全天开诊制，同时开设了专家门诊，常年由资深专家为广大肛肠病患者开展诊疗服务。
专家门诊开诊时间：
应光耀主任医师周一上午、周三下午
张少军主任医师周二上午
高洪娣副主任医师周五上午
沙喜副主任医师周四上午
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