1、肛门周围脓肿：主要因污感、粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。
2、直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的滑性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
3、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压近瘘道。影响脓液的排出。容易贮脓感染而难于愈合。
4、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和伤口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
5、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
6、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘
