肛瘘是由肛周囊肿引发的，治愈难度大，容易反复发作，根据病理结构，分为以下几种：
1、结核性肛瘘
由于肛管和肛门周围结核细菌感染形成的特殊肛瘘，可以由肛腺感染或血行感染而来，在常规治疗肛瘘的手术后，在局部和全身应用抗结核药物治疗。2、直肠阴道瘘和直肠尿道瘘
这种瘘管是指原本不相关的临近器官，直肠与尿道或直肠与阴道发生不正常的交通引起的。这种复杂性瘘管有先天性和后天性两种因素。
先天性因素指胎儿直肠尿道膈或直肠阴道膈未发育，或者因为肛门闭锁，胎儿出生后发生直肠阴道间或直肠尿道间的感染、溃破使管腔相通所致。
3、因直肠肛门克隆氏病引起的肛瘘
在治疗时除了常规处理肛瘘，瘘道引流挂线手术外，仍须针对原发病克隆氏肠病进行规范的药物治疗，才能保证伤口顺利愈合。
4、癌性肛瘘
由于肛门及肛门周围的肿瘤侵犯引起肛门和直肠穿孔形成的瘘道，必须及早的发现及时的病理诊断，做根治性的手术治疗，常用不保肛门的腹会阴联合手术方式，彻底根治。
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